Ni godinu dana don Miro nije upravljao župom Kanfanar, kad mu biskup predloži da prihvati službu doravnatelja i profesora u pazinskom sjemeništu, koje je bilo otvoreno u jesen 1945.
Pred novim zahtjevima doravnatelj Bulešić se osjećao nedoraslim za povjerenu mu službu. U dnevniku 8. ožujka 1947. bilježi:
“Ne mogu se ozbiljno posvetiti za ništa. Jako sam rastresen otkada sam ovdje u sjemeništu. Vidim da sam nesposoban za dužnost koja mi je povjerena. Prepun sam posla, teško mi je to obaviti, pa ništa ne zaključujem. O Bože, pomozi!”
U sljedećem zapisu od 19. svibnja još je konkretniji:
“Nove poteškoće u odgajanju naših sjemeništaraca. Nisam za to sposoban. Nastojao sam i nastojim razumjeti ove naše mladiće. Teško mogu udovoljiti njihovim zahtjevima i željama. Bože, pomozi mi! Pomozi mi da svršim ovu godinu, a druge godine neka dođe netko drugi na moje mjesto, netko sposobniji. Preveliko je breme, prevelika odgovornost! Kako ću pred tobom odgovarati?! – Bili su kod mene osmoškolci i upozorili su me na nerazumijevanje koje pokazujem prema njima. O Bože, nisam imao nakanu njih gnjaviti, nego odgajati ih, a to koji puta i strogo. Vele mi, da kod njih nisam ništa uspio. Hvala Bogu! To radiš Ti, o Bože!To je samo Tvoje djelo. Ja sam u Tvojim rukama. Stvori od njih dobre mladiće, idealne mladiće. Meni daj više ljubavi prema njima. Možda sam ih malo ljubio. Daj mi poniznosti!… Ja bih morao biti njima uzor a nisam! Koliko nedostataka! Nesavršenstva, nemarnosti, kritiziranja! Bože, kako me trpiš ovdje! Strah me hvata, kako ću se predstaviti pred Tvoj sud? Pomozi mi, Djevice Marijo! – Puno je nereda u ovome našem sjemeništu: glede discipline, škole, nedostatak u duhovnom vodstvu.. – Ja sam nesposoban i ne mogu pomoći, nego (samo) malo. Sve me vuče van. Ljudi čekaju, žeđaju i gladuju za istinom. Koliko djece vani, koju bih mogao lijepo poučavati, koja bi me veselo slušala! A možda ovdje gubim vrijeme?! Uvelike me to muči. – Neka bude volja Tvoja! – Koliko nerazumijevanja sa strane svećenika, prezira, poteškoća. – A i Ti si trpio, Isuse! Daj da i ja trpim s Tobom!“
Miroslav Bulešić je prolazio duhovnu krizu u ljetu 1947. Uzroke toj krizi on vidi u neuspjehu pri odgoju sjemeništaraca, što zaključuje i na temelju neke vlastite ankete, te u pričama o simpatiji neke djevojke prema njemu, u dojmovima koje je na nj učinio nudizam na plaži u Lovranu i, konačno, u radu koji nije dobro organiziran. U vezi s onim pričama, on je 24. lipnja zapisao:
“Oče, nek se vrši Tvoja volja. Neka mi to bude na poniženje i na spasenje. Tebi, Bože, preko Tebe, Majko prikazujem i tu žrtvu. Teško mi je, a tebi će biti draga. Hvala Ti, Bože, što si i to dozvolio. To me nuka da se što većma Tebi približim. Majko, pomozi mi da sačuvam svoju čistoću. Daj mi, Bože, prije smrt nego da padnem u jedan grijeh nečistoće.- Ja želim, ako je Tvoja volja, čim prije doći k Tebi. Inače kazni me, kroti me, ponizuj me!“
Žali se da je postao tvrd, grub…pa nastavlja:
“Nisam više onakav kakav sam bio. Onda sam rastao, a sada propadam, u prošlosti, kao đak, imao sam svojeg vođu, njemu sam se znao povjeriti. I on mi je u svemu pomagao. Kada sam bio na župi, ipak radeći oko tuđeg boljitka, radio sam i oko svojega. A sada niti imam, i ne mogu imati duhovnog vođe; niti u radu oko drugih izgrađujem sam sebe. Bože moj, što se ja bojim za samoga sebe! Hoću li ustrajati u svom zvanju?! Neka duboka bojazan ispunjuje mi dušu. Tome se još nadodaju one političke rasprave, oni problemi ne sasvim vjerske i pastoralne naravi, pa fakat da smo u svemu prepušteni sami sebi. Sve to još povećava moje neraspoloženje, moju zlu volju. Komu da povjerim svoje poteškoće? Samo Tebi, Bože moj! I Tebi, Majko Moja! Ti vidiš moje duševne patnje i trzavice. Ove Ti prikazujem!”
Po završetku školske godine 1946/47. don Miro je ostao u sjemeništu u Pazinu a povremeno je pohađao okolne župe. Tako je 16. lipnja 1947. zabilježio kako je sudjelovao kod Prve Pričesti u župi Rukavac, blizu Rijeke:
“Proživio sam sreću koju sam imao tada, kada sam se i ja prvi puta pričestio. Bože, kako si dobar!“
Posljednji zapisi u dnevniku (28. srpnja 1947.) otkriva nam neku nutarnju krizu koju je Sluga Božji proživljavao u tom času:
„Već je skoro mjesec dana što proživljavam veliku nutarnju krizu, što me čini, protiv mojoj volji, neraspoloženim i žalosnim, a ujedno, što i mene samoga čudi, nervoznim.“
